Форма острова Чиринкотан практически квадратная со стороной в 3,7 километра. Это действующий вулкан, имеющий довольно сложное строение в виде двойного конуса, похожего на Харимкотан. Его нижний срезанный конус на юго-востоке немного разрушен и имеет трещину, через которую иногда выходят лавовые потоки, доходящие до морской воды. Верхний конус вулкана постоянно дымится, его высота составляет 737 метров.
Почвы на острове не развиты. На каменных склонах вулкана и щебнистых россыпях подножия растут мхи, лишайники, а иногда и травы. Исключение лишь составляет юго-восточный склон, покрытый потоками лавы. В северо-западной части острова изредка можно встретить кустарниковую ольху.
Практически все побережье острова Чиринкотан скалистое, только на северо-западе находится небольшой отрезок гальки. На него можно высадиться с помощью шлюпок в ясную и тихую погоду вблизи 26-метровой скалы Оива. На юго-западе острова расположена удивительная и оригинальная скала Гата, имеющая высоту 48 метров и напоминающая заросли бамбука.
Склоны вулкана под водой очень крутые – суда без опасения могут проходить близко, но становиться на якорь здесь довольно трудно. На скалах обитает множество птиц.